Il Fiume Melfa nasce all’interno del Parco Nazionale d'Abruzzo, Lazio e Molise ed interessa diverse aree della Rete Natura 2000:
SIC Val Canneto (cod. IT60050020): sorgenti del Melfa, Comuni di Settefrati e Picinisco.
SIC/ZPS Gole del Fiume Melfa (cod. IT6050027), Comuni di Arpino, Casalattico, Casalvieri, Colle San Magno, Roccasecca, Santopadre
SIC/ZPS Massiccio del Monte Cairo (aree sommitale) (cod. IT6050028): Comuni di Casalattico, Atina, Colle San Magno.
SIC/ZPS Cime del Massiccio della Meta (cod. IT6050018), che Comuni di Picinisco, San Biagio Saracinisco, Vallerotonda.
AREA Wilderness gole del Melfa